NeuroRadio

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録) Show Notes (番組HP [http://neuroradio.tokyo/2025/04/17/88-absolutely-not-absolute/]): * 渦中のハーバード(pdf) [https://fingfx.thomsonreuters.com/gfx/legaldocs/gdvznjkykvw/harvard_lawsuit.pdf] * コロンビアのNIHグラント停止 [https://www.science.org/content/article/nih-freezes-all-research-grants-columbia-university] * Hiring Freeze Announcement [https://www.harvard.edu/president/news/2025/financial-stewardship/] * デモに参加したらビザ停止 [https://www.theguardian.com/us-news/2025/apr/10/how-many-student-visas-revoked] * Stand Up For Science [https://standupforscience2025.org/] * Twitterで告知 [https://x.com/NeuroRadio_/status/1892294816295161905] * 2年ルールのWaiver [https://www.us.emb-japan.go.jp/itpr_ja/j-visa.html] * 濱崎さん回 [https://neuroradio.tokyo/2025/01/07/84-synthetic-developmental-biology/] * 401(k) [https://www.nomura.co.jp/terms/english/other/A02989.html] * iDeCo [https://www.resonabank.co.jp/nenkin/ideco/column/what-is-401k.html] * Reddit: Fire Flow Chart Version 4.3 [https://www.reddit.com/r/financialindependence/comments/16xymii/fire_flow_chart_version_43/?rdt=49040] * Reddit: 401(k) max vs mortgage payment [https://www.reddit.com/r/FinancialPlanning/comments/185u6za/401k_max_vs_mortgage_payment/] * 三権分立の憲法への反映はアメリカが先 [https://www.y-history.net/appendix/wh1102-044.html] * 五十嵐さん回 1 [https://neuroradio.tokyo/2021/09/15/23-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-1/] 2 [https://neuroradio.tokyo/2021/09/22/24-25-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-2-3/] 3 [https://neuroradio.tokyo/2021/10/08/26-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-4/] 4 [https://neuroradio.tokyo/2024/07/14/76-getting-out-of-the-comfort-zone/] * NSFはFellowshipを出す数が半分に [https://www.nature.com/articles/d41586-025-01098-9] * Redditに降臨 [https://www.reddit.com/r/biotech/comments/z11o8w/comment/ixf6dlo/] * ２ちゃんに柳沢先生ご本人登場 [https://sites.google.com/site/akihiroumezawa/storage/liu-zette-shuida] * マウスも毛むくじゃらに [https://www.science.org/content/article/mouse-mammoth-s-pelt-makes-superfuzzy-debut] * のプレプリント [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.03.03.641227v1] * 狼復活 [https://colossal.com/direwolf/] 論文紹介 * 論文１：Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolution [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.10.632162v1.full] * Sabatini (弟) ラボ [https://sabatini.hms.harvard.edu/] * 安田さん回 [https://neuroradio.tokyo/2022/06/22/39-a-biophysicist-turned-neuroscientist/] * Jablonski図 [https://en.wikipedia.org/wiki/Jablonski_diagram] * Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目) [https://www.picoquant.com/dl_manuals/PicoHarp330_Manual.pdf] * Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf) [https://www.jst.go.jp/pr/announce/20210102/pdf/20210102.pdf] * 注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩) * Fiber Photometry を流行らせたのはDラボ [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(14)00659-X] * ロックインアンプ [https://www.toyo.co.jp/material/casestudy/detail/LIA] * FLIM用のcAMPセンサー [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0122513] * Wash UのYao Chen [https://sites.wustl.edu/yaochenlab/] * CholinergicセンサーFLIM転用 [https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adi0643] * Becker & HicklのFLIM [https://www.becker-hickl.com/applications/classic-tcspc/] * Instant FLIM [https://opg.optica.org/optica/fulltext.cfm?uri=optica-8-6-885&id=451877] * 前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回 [https://neuroradio.tokyo/2024/12/21/83-emo/] * David AndersonのState論文、たとえば 1 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)30361-1] 2 [https://www.nature.com/articles/s41586-020-2995-0] 3 [https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(21)00995-8] * 脳の温度は結構変わる [https://www.thelancet.com/journals/laneur/article/PIIS1474-4422(22)00210-1/abstract] * pHも睡眠とかで変わる [https://academic.oup.com/brain/article/146/6/2431/7056579] * 未来予想回 [https://neuroradio.tokyo/2025/01/13/85-prediction-models/] * 齋藤さん回 1 [https://neuroradio.tokyo/2022/07/19/40-casting-light-on-the-life-at-broad-institute-part-1/] 2 [https://neuroradio.tokyo/2022/07/25/41-casting-light-on-the-life-at-broad-institute-part-2/] 3 [https://neuroradio.tokyo/2024/09/15/79-the-wizard-of-fz/] * 論文２：Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technology [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.19.639056v2] * ナノポアレビュー [https://www.nature.com/articles/s41587-021-01108-x] * Dpo4 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(01)00515-3] * CMOSによる並列化の例 [https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1601782113] * ONTのNanopore [https://nanoporetech.com/platform/technology] * ONTを使ったリード精度benchmark研究 [https://www.csbj.org/article/S2001-0370(23)00136-8/fulltext] * 階段状の建物 [https://www.basel.com/en/attractions/roche-towers-1f4d756da1] * 元根さん [https://rd.iai.osaka-u.ac.jp/ja/e6b704cb0f09d00a.html] * Protein Sequencing [https://www.nature.com/articles/s41586-024-07935-7] * 日本語解説 [https://www.pssj.jp/archives/essay/Es_15/Es_15.html] * 本社のプレスリリース [https://sequencing.roche.com/us/en/article-listing/sequencing-platform-technologies.html] * 動画 [https://www.youtube.com/watch?v=G8ECt04qPos] Editorial Notes: * The Apprentice の参加者になった気分です (脇) * 大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録) Show Notes (番組HP [http://neuroradio.tokyo/2025/04/07/87-pushing-the-limits-of-drosophila-part-2/]): * 山本さんNR回　前編 [https://neuroradio.tokyo/2025/04/02/86-pushing-the-limits-of-drosophila-part-1/] * 非哺乳類モデル動物の臨床応用 [https://www.nature.com/articles/s41576-023-00633-6] * ハエの疾患モデル一覧 [https://flybase.org/lists/FBhh/] * パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein) [https://www.nature.com/articles/35006074] * ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない [https://www.frontiersin.org/journals/neural-circuits/articles/10.3389/neuro.04.005.2009/full] (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山) * アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42) [https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.0400895101] * 自閉症モデルハエに関するReview 1 [https://www.frontiersin.org/journals/physiology/articles/10.3389/fphys.2019.00987/full] 2 [https://journals.biologists.com/dmm/article/12/5/dmm039180/3372/Intellectual-disability-and-autism-spectrum] 3 [https://www.mdpi.com/1422-0067/20/17/4071] * ハエの求愛行動 [https://www.nature.com/articles/nrn3567] * ハエの攻撃行動 [https://psycnet.apa.org/record/2015-40281-001] * ハエのパーソナルスペース [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1601-183X.2011.00740.x] * ハエのグルーミング [https://elifesciences.org/articles/02951] * Julie Simpson [https://simpson.mcdb.ucsb.edu/] * ハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイ [https://link.springer.com/article/10.1007/BF01350033] * ハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 [https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0361923011002802] 2 [https://link.springer.com/chapter/10.1007/7854_2010_110] * ハエのがんモデルでcachexiaが起こる [https://www.cell.com/developmental-cell/fulltext/S1534-5807(15)00143-4] * ハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリング [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1084952114001074] * ハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する [https://www.annualreviews.org/content/journals/10.1146/annurev.ento.50.071803.130404] * 手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 [https://www.nature.com/articles/345170a0] 2 [https://www.science.org/doi/10.1126/science.1470915] 3 [https://www.nature.com/articles/s41467-021-22694-z] * ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状 [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10116490/] * Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center [https://bdsc.indiana.edu/] * 京都工繊大のストックセンター [https://www.dgrc.kit.ac.jp/ja/] * 遺伝研のストックセンター [https://shigen.nig.ac.jp/fly/nigfly/] * ウィーンのストックセンター [https://shop.vbc.ac.at/vdrc_store/] * Drosophila Information Service [https://www.ou.edu/journals/dis/] * FlyBase [https://flybase.org/] * JaneliaのSplit GAL4リソース [https://www.janelia.org/lab/rubin-lab/our-research/gal4-driver-lines/split-gal4-lines]　データベース [https://splitgal4.janelia.org/cgi-bin/splitgal4.cgi] * ハエゲノムプロジェクト [https://www.science.org/doi/10.1126/science.287.5461.2185](2000年にドラフトが完成、線虫は1998年 [https://www.science.org/doi/10.1126/science.282.5396.2012]でした。by 山) * 羊土社から出した『研究留学実践ガイド』 [https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122733/] * 連載、研究留学の技法２０２３ [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/study_abroad.html] * 実験医学 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/]：羊土社から刊行されている雑誌。現行。 * 細胞工学 [https://ci.nii.ac.jp/ncid/AN00069897]: 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。 * 蛋白質・核酸・酵素 [https://ci.nii.ac.jp/ncid/AN00140437]: 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。 * たまたま取れたNotchの特殊なmutationに着目したScience [https://www.science.org/doi/10.1126/science.1228745]論文　日本語での要約 [https://first.lifesciencedb.jp/archives/6389] * NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている [https://www.nature.com/articles/43191](訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山) * News & Hot Paper Digestではなく、カレント・トピックス [https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758100953/]でした(by 山) * The Notch Meeting [https://www.thenotchmeeting.org/] * Gordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS) [https://www.grc.org/] * NotchのGRS [https://www.grc.org/notch-signaling-in-development-regeneration-and-disease-grs-conference/] * GRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記) [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758101332/index.html] * 実験医学のNotchシグナル特集 [https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758101486/] * どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=67800] 2 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=67900] 3 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=68000] 4 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=68100] 5 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=68200]  * 日本における雇い止め問題に関するNature [https://www.nature.com/articles/d41586-022-01935-1]とScience [https://www.science.org/content/article/mass-layoff-looms-japanese-researchers]の記事 * ベイラー医科大学って知っていますか？ [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%99%E3%82%A4%E3%83%A9%E3%83%BC%E5%8C%BB%E7%A7%91%E5%A4%A7%E5%AD%A6] * ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない [https://www.nasa.gov/johnson/] * 『研究留学実践ガイド』のテーマ：はじめに(pdf) [https://www.yodosha.co.jp/bookdata/9784758122733/9784758122733_preface.pdf] * 留学特集の座談会記事 1 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=44300] 2 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=61400] * 中田大介先生 [https://www.bcm.edu/people-search/daisuke-nakada-27435] * 安田先生NR回 [https://neuroradio.tokyo/2022/06/22/39-a-biophysicist-turned-neuroscientist/] * 五十嵐先生NR回 1 [https://neuroradio.tokyo/2021/09/15/23-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-1/] 2 [https://neuroradio.tokyo/2021/09/22/24-25-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-2-3/] 3 [https://neuroradio.tokyo/2021/10/08/26-poor-is-the-pupil-who-does-not-surpass-his-master-part-4/] 4 [https://neuroradio.tokyo/2024/07/14/76-getting-out-of-the-comfort-zone/] * 留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 [https://www.yodosha.co.jp/booksample_img/9784758122733/9784758122733_01.jpg] 2 [https://www.yodosha.co.jp/booksample_img/9784758122733/9784758122733_02.jpg] * 失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特にコラム4-5から4-8 [https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122733/] * ラボレポート、留学編 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/lab.html]・独立編 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/labdokuritsu.html] * 留学をしないという「選択肢」：コラム4-10 [https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122733/] * 藤島さんNR回 [https://neuroradio.tokyo/2023/04/14/55-and-your-mouse-can-sing/]　コラム3-3(立ち読みサンプル [https://www.yodosha.co.jp/booksample_img/9784758122733/9784758122733_06.jpg])  * DEI政策の激変 [https://www.whitehouse.gov/presidential-actions/2025/01/ending-radical-and-wasteful-government-dei-programs-and-preferencing/] * テキサスはDEI停止を先取り [https://compliance.utexas.edu/sb17] * ハーバードにおけるAffirmative Action訴訟 [https://en.wikipedia.org/wiki/Students_for_Fair_Admissions_v._Harvard] * Texas Children’s Hospital [https://www.texaschildrens.org/] * Duncan NRI(faculty list) [https://www.texaschildrens.org/duncan-nri/faculty] * Huda Zoghbi(HHMI) [https://www.hhmi.org/scientists/huda-y-zoghbi] * Rett Syndrome [https://www.nature.com/articles/ng1099_185] * SCA1(Ataxin) [https://www.nature.com/articles/ng0894-513] * Atoh1(Math1) [https://www.nature.com/articles/36579] * DP5(Early Independence Award) [https://commonfund.nih.gov/earlyindependence] * 独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ) [https://nexus.od.nih.gov/all/2021/11/18/long-term-trends-in-the-age-of-principal-investigators-supported-for-the-first-time-on-nih-r01-awards/] * Hugo Bellen(元HHMI) [https://www.hhmi.org/scientists/hugo-j-bellen] * 博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 [https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092-8674(14)01113-1] 2 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(14)01589-X] 3 [https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001777] 4 [https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001438] 5 [https://rupress.org/jcb/article/200/6/807/37335/The-C8ORF38-homologue-Sicily-is-a-cytosolic] 6 [https://elifesciences.org/articles/03558] 7 [https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002197] 8 [https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001847] 9 [https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002103] 10 [https://www.cell.com/developmental-cell/fulltext/S1534-5807(15)00828-X] etc   * ハーバード [https://socfell.fas.harvard.edu/about]、UCSF [https://fellows.ucsf.edu/]、Janelia [https://www.janelia.org/inside-look-fellows]のフェロー制度 * ドーパミンの産生・放出・代謝

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録) Show Notes (番組HP [https://neuroradio.tokyo/2025/04/02/86-pushing-the-limits-of-drosophila-part-1/]): * 山本さんラボHP [https://www.yamamotoflylab.org/](更新が滞りがち) LinkedIn [https://www.linkedin.com/in/shinya-yamamoto-bb1928a0] * ベイラー医科大学 [https://www.bcm.edu/] * 動物育種繁殖学教室 [https://webpark1297.sakura.ne.jp/wp/] * 今川和彦先生 [https://www.u-tokai.ac.jp/facultyguide/faculty/4330/] * 着床現象は種特異的 [https://www.mdpi.com/2076-2615/14/14/2077] * 臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 [https://journals.biologists.com/dev/article-abstract/111/3/801/36748/H-58-an-insertional-mutation-affecting-early] 2 [https://journals.biologists.com/dev/article-abstract/115/1/277/37443/Identification-and-characterization-of-a-novel] * Hugo Bellen [https://flypush.research.bcm.edu/lab/hugo/index.html] * Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute [https://www.texaschildrens.org/duncan-nri] * Hugoによるレビュー [https://genesdev.cshlp.org/content/16/11/1314.short] * Scott Emr [https://emr.wicmb.cornell.edu/] * 武田洋幸先生 [https://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/~hassei/] * 多羽田哲也先生 [https://researchmap.jp/tetsuyatabata] * 後藤聡先生 [https://www2.rikkyo.ac.jp/web/cells/] * Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 [https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1534-5807(07)00478-9] 2 [https://www.cell.com/developmental-cell/fulltext/S1534-5807(07)00481-9] 3 [https://www.cell.com/developmental-cell/fulltext/S1534-5807(07)00480-7] 4 [https://www.nature.com/articles/ncb1687] 5 [https://www.nature.com/articles/ncb1678] * Gerry Rubin [https://www.janelia.org/people/gerry-rubin] * Allan Spradling [https://www.hhmi.org/scientists/allan-c-spradling] * Thomas Cech [https://www.hhmi.org/scientists/thomas-r-cech] * Seymour Benzer追悼記事 1 [https://www.nature.com/articles/451139a] 2 [https://www.science.org/doi/10.1126/science.1154050] * Thomas Hunt Morgan [https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1933/morgan/biographical/] * ハエ研究の黎明期 [https://collections.libraries.indiana.edu/muller/exhibits/show/fly-room/page-1] * メンデルによる遺伝子の提唱と再発見 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(15)01128-9] * 津田梅子先生がMorganのところでやった仕事 [https://link.springer.com/article/10.1007/BF02156638] * メンデルの法則 [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%87%E3%83%AB%E3%81%AE%E6%B3%95%E5%89%87] * Hermann Muller [https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1946/muller/facts/] * 放射線による遺伝子の破壊・改変を発見 [https://www.science.org/doi/10.1126/science.66.1699.84] * Marie Curieの死因 [https://note.com/medicalview/n/n0b6ff6876b60] * 発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK10123/#:~:text=The%20split%20between%20embryology%20and,been%20met%20by%20the%20geneticists:] * 最初のNotchミュータントの欠けている翅 [https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0070215310920012?via%3Dihub] * HomozygousだとNeurogenic phenotype [https://link.springer.com/article/10.1007/BF00848482] * AntennapediaとUltrabithorax [https://learn.genetics.utah.edu/content/basics/hoxgenes/] * ハエの記憶に関する最初の報告 [https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.71.3.708] * この系をつかった最初のL&Mの変異体、dunceの論文(cAMPの分解酵素) [https://www.jstor.org/stable/65976] * サーカディアンリズムのperiod変異体の論文 [https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.68.9.2112] * ShibireはDynaminに関する変異体 [https://www.nature.com/articles/351583a0] * Kir2.1 [https://www.jneurosci.org/content/21/5/1523.long] * NaChBac [https://www.jneurosci.org/content/26/2/479.long] * 遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2) [https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0896-6273(11)00872-5] * GSAによるショウジョウバエの学会 [https://genetics-gsa.org/drosophila/] * CSHLのNeurobiology of Drosophila [https://meetings.cshl.edu/meetings.aspx?meet=DROS] * Janeliaのconference [https://www.janelia.org/you-janelia/conferences/conferences] * NRでショウジョウバエを扱った回 [https://neuroradio.tokyo/2024/11/02/81-through-the-wire/] * Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学) [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%9A%84%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0] * Chemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられる [https://en.wikipedia.org/wiki/Forward_genetics] * armadillo (arm)＝ハエのβ-Catenin [https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0092-8674(90)90413-9]  * Christiane Nüsslein-Volhard [https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1995/nusslein-volhard/biographical/] * Eric Wieschaus [https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1995/wieschaus/facts/] * The Heidelberg screen回顧録 [https://www.annualreviews.org/content/journals/10.1146/annurev-cellbio-113015-023138] * MARCM [https://www.cell.com/fulltext/S0896-6273(00)80701-1] * 利根川先生のCaMKII-Creを用いたconditional KO [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(00)81826-7] (訂正：CaMKIIをcKOしたんじゃなくて、CaMKII-Creを用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山) * Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文 [https://journals.biologists.com/dev/article-abstract/117/4/1223/37629/Analysis-of-genetic-mosaics-in-developing-and]　レビュー [https://www.nature.com/articles/nrg751] * ハエのElectroretinogram(ERG) 1 [https://www.nature.com/articles/222351a0] 2 [https://www.nature.com/articles/222354a0] * ｍusashiとハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット [https://www.terumozaidan.or.jp/labo/class/12/interview02.html] * 岡野先生らによるmusashi発見 [https://www.cell.com/neuron/abstract/0896-6273(94)90460-X] * 博士の時にやったスクリーニング [https://www.frontiersin.org/journals/genetics/articles/10.3389/fgene.2018.00700/full] * 結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(14)01113-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867414011131%3Fshowall%3Dtrue] * ApoE2とE4: 逆でした (by 山) * ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献 [https://blogs.bcm.edu/2023/04/13/from-the-labs-baylor-collegef-of-medicine-human-genome-sequencing-center-celebrates-20-years-since-the-completion-of-the-human-genome-sequencing-project/] * HapMap project [https://www.genome.gov/10001688/international-hapmap-project] * 1000 Genomes project [https://www.internationalgenome.org/1000-genomes-summary/] * Center for Mendelian Genomics [https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/NHGRI-Genome-Sequencing-Program/Centers-for-Mendelian-Genomics-CMG] * Richard Gibbs [https://www.bcm.edu/people-search/richard-gibbs-22009] * James Lupski [https://www.lupskilaboratory.org/] * Synteny(シンテニー) [https://en.wikipedia.org/wiki/Synteny] * Complementation test(相補性検定) [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E7%9A%84%E7%9B%B8%E8%A3%9C%E6%80%A7] * LiqinのMARCM EMS Screenの例 [https://www.nature.com/articles/nn1910] * Hippo signaling pathway レビュー [https://anatomypubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/dvdy.22723] * このPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本）  1 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(03)00549-X] 2 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(03)00557-9] 3 [https://www.nature.com/articles/ncb1050] 4 [https://www.nature.com/articles/ncb1051] * ハエのin vivo RNAiのライブラリ 1 [https://fgr.hms.harvard.edu/fly-in-vivo-rnai] 2 [https://shop.vbc.ac.at/vdrc_store/rnai-info] 3 [https://shigen.nig.ac.jp/fly/nigfly/rnaiListAction.do?browseOrSearch=browse] * RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う：Cell論文のFig. 2 [https://www.cell.com/cms/10.1016/j.cell.2014.09.002/asset/2f6954ee-20d3-476d-9261-1ba3d3f1e9f0/main.assets/gr2_lrg.jpg] * CRISPRも含めて、Mammalの例 1 [https://www.nature.com/articles/nbt.3567] 2 [https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(16)30291-5] * Rett Syndromeの原因遺伝子はMECP2 [https://www.nature.com/articles/ng1099_185] * Huda Zoghbi [https://www.bcm.edu/research/faculty-labs/huda-zoghbi-lab] * ハエ遺伝子のヒト化 [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(15)01129-0] * T2A-GAL4 [https://elifesciences.org/articles/35574] * Kozak-GAL4 [https://elifesciences.org/articles/76077] * Mutationの機能的分類(Muller's morphs) [https://en.wikipedia.org/wiki/Muller%27s_morphs] * Undiagnosed Diseases Network(UDN) [https://undiagnosed.hms.harvard.edu/] * NIH Commonfund [https://commonfund.nih.gov/] * BRAIN initiative [https://braininitiative.nih.gov/] * UDN Model Organisms Screening Center [https://undiagnosed.hms.harvard.edu/research/model-organisms-phase-ii/] *

新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes (番組HP [https://neuroradio.tokyo/2025/01/13/85-prediction-models/]): 抱負 * イーロン・マスクはH-1Bに賛成 [https://www.cnn.co.jp/usa/35227775.html] * 米国PhD持ちにはGC? [https://www.reuters.com/world/us/trump-says-foreign-college-graduates-should-automatically-get-green-cards-2024-06-20/] * バイデンがやってること [https://www.boundless.com/blog/biden-eases-visa-process-for-u-s-grads-and-dreamers/] * J1 の2 years rule waiver [https://travel.state.gov/content/travel/en/us-visas/study/exchange/waiver-of-the-exchange-visitor.html] おたより * おたよりフォーム [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSegf8Ezthbjh0X1t2yDGC1UoADmDbinHpMfyuk86dY4KrFIvw/viewform] * 前回のおたより回 [https://neuroradio.tokyo/2024/04/30/74-letters-to-the-editor/] * 佐野さんの回 [https://neuroradio.tokyo/2022/10/03/45-the-amyloid-hypothesis-of-alzheimers-disease-explained/] * 小川誠二先生 [https://cinet.jp/japanese/research/advisor/advisor-of-cinet-ogawa/] * ベル研究所 [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%99%E3%83%AB%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80] * あの論文 1 [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mrm.1910140108] 2 [https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.89.13.5951] * 松井さん [https://sites.google.com/view/tematsui-lab] * 柳下さん [https://sites.google.com/view/ut-strphys/] * Neuroでの北沢萩原シンポジウム [https://confit.atlas.jp/guide/event/neuro2024/session/2Room606-10/detail?lang=ja] * 吉良さん [https://scholar.google.com/citations?user=kpfhNfEAAAAJ&hl=en] * Huberman Lab Podcast [https://www.hubermanlab.com/podcast] * Night Science Podcast [https://nightscience.buzzsprout.com/] * George回 [https://nightscience.buzzsprout.com/1744020/episodes/14973153-57-george-church-and-shooting-for-the-stars] * Yanai [https://med.nyu.edu/faculty/itai-yanai] * アメリカでラボを持つことになったYukiさん [https://scholar.google.com/citations?user=GIUFlYIAAAAJ&hl=en] * 千歳さん回 [https://neuroradio.tokyo/2024/07/02/75-dreaming-of-dreams/] * Addgene [https://www.addgene.org/viral-service/aav-prep/] * Penn vector core の transfer [https://www.addgene.org/viral-service/penn-vector-core/] * UNCのvector core [https://www.med.unc.edu/genetherapy/vectorcore/] * Kimberly Ritola [https://www.unc-neurotools.org/our-team] * Adam Hantman [https://www.med.unc.edu/neuroscience/hantmanlab/] * MouseLight [https://www.janelia.org/project-team/mouselight] * Jayaram Chandrashekar [https://scholar.google.com/citations?user=9pvP5T0AAAAJ&hl=en] * Armamentarium [https://braininitiative.nih.gov/research/tools-and-technologies-brain-cells-and-circuits/armamentarium-precision-brain-cell-access] * Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない [https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/hgtb.2015.051] * Rafael Yuste [https://blogs.cuit.columbia.edu/rmy5/] * Sydney Brenner [https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2002/brenner/biographical/] * の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC139404/] * 齋藤さん回 1 [https://neuroradio.tokyo/2022/07/19/40-casting-light-on-the-life-at-broad-institute-part-1/] 2 [https://neuroradio.tokyo/2022/07/25/41-casting-light-on-the-life-at-broad-institute-part-2/] 3 [https://neuroradio.tokyo/2024/09/15/79-the-wizard-of-fz/] * 齋藤さんラボHP [https://makotosaitolab.com/] 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選 * えめさん回 [https://neuroradio.tokyo/2022/05/09/35-introduction-to-structural-biology-for-neuroscientists/] * Three photon imaging [https://www.nature.com/articles/s41592-021-01257-6] ventralでもなかった * In vivo透明化 パプリカパウダー [https://www.science.org/doi/10.1126/science.adm6869] * ボイデンラボから [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611421v2] * 今井ラボから [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.13.612584v1] * 根本ラボから [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004220310853] * JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene [https://www.janelia.org/news/new-nanosensor-gives-unprecedented-look-at-dopamine-release] * mStayGold 1 [https://www.nature.com/articles/s41592-023-02085-6] 2 [https://www.nature.com/articles/s41592-024-02203-y] 3 [https://www.nature.com/articles/s41587-023-02018-w] Comparison [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582207v1] * StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.23.568490v1] * 場所細胞のhyperbolic geometry [https://www.nature.com/articles/s41593-022-01212-4] * Torus論文 [https://www.nature.com/articles/s41586-021-04268-7] * まささん [https://www.mir.wustl.edu/research/research-centers/biophotonics-research-center-brc/labs/inoue-lab/] * microRNAのTarget Sequence [https://www.nature.com/articles/gt2010157] * Allenとかで顕著なenhancer AAV [https://portal.brain-map.org/genetic-tools/genetic-tools-atlas] * CellReadr [https://www.nature.com/articles/s41586-022-05280-1], RADAR [https://www.nature.com/articles/s41587-022-01493-x], RADARS [https://www.nature.com/articles/s41587-022-01534-5] * ITRのプロモーター活性 [https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.74.18.8732-8739.2000] * ミニマルプロモーター [https://www.cell.com/molecular-therapy-family/methods/fulltext/S2329-0501(23)00075-X]の話をした回 [https://neuroradio.tokyo/2023/06/29/58-not-necessarily-necessary/] * CRACM [https://www.nature.com/articles/nn1891] * 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 [https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(16)30950-3] 2 [https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(18)31085-7] 3 [https://www.science.org/doi/abs/10.1126/science.abp8852] 4 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.13.607810v1.abstract] * バインダー設計、例えば 1 [https://www.nature.com/articles/s41586-022-04654-9] 2 [https://www.nature.com/articles/s41467-023-38328-5] 3 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585103v1] 4 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615802v2] * AI Scientist [https://sakana.ai/ai-scientist/] * Waymo [https://waymo.com/] * Craniotomy robot [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.03.611036v1.full] * 牧野さん回 [https://neuroradio.tokyo/2023/02/24/53-understanding-by-creating-is-all-you-need/] * ポッドキャストも置き換えられるかも [https://blog.google/technology/ai/notebooklm-audio-overviews/] * * みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) * アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)

University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki [https://x.com/Nobu_Hamazaki/])がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes (番組HP [http://neuroradio.tokyo/2025/01/07/84-synthetic-developmental-biology/]): * 浜崎ラボHP [https://www.hamazaki-lab.com/] * 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ [https://www.lab.med.kyushu-u.ac.jp/scb/] * 日本での所属ラボ：林克彦ラボ [https://www.med.osaka-u.ac.jp/pub/gcb/lab/] (現在は阪大) * 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 [https://www.nature.com/articles/s41586-020-3027-9] * かぐや論文 [https://www.nature.com/articles/nature02402] * Parthenogenesisのレビュー [https://www.annualreviews.org/content/journals/10.1146/annurev-ecolsys-011720-114900] * 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ [https://shendure-web.gs.washington.edu/] * 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 [https://www.nature.com/articles/s41556-024-01487-8] * 最初にあったマウスGastruloid論文 [https://www.nature.com/articles/s41586-020-2024-3] * Matrigel [https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi00350a005] * おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学 [https://www.medsi.co.jp/products/detail/3433]、ウォルパート発生生物学 [https://www.medsi.co.jp/products/detail/3279]とラングマン人体発生学 [https://www.medsi.co.jp/products/detail/3956]とそのムービー [https://www.medsi.co.jp/download/aa3a2331c43e39881b67b9bbd817cabd8861eea0.pdf] * JayのGestalt [https://www.science.org/doi/10.1126/science.aaf7907] * イベントのレコーディング [https://www.nature.com/articles/s41586-022-04922-8] * シュペーマンのオーガナイザー [https://bsd.neuroinf.jp/w/images/e/ef/Spemann-Mangold1924_Article_%C3%9CberInduktionVonEmbryonalanlag.pdf] (pdf) * Turner Syndrome [https://www.nature.com/articles/s41574-019-0224-4] * Wntアゴニストのカイロン [https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/sml1046?srsltid=AfmBOoqVd3rais8pqon6wJ2jNYzpog9SAY0JjKp_fikLFeNWz0tjOqY-] * 下流のBrachyury (T)という転写因子 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/20997] * 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 [https://www.nature.com/articles/s41586-024-08332-w] * bioRxivに最初に出た論文 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545082v1] * とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.14.544922v1] ２ [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545180v1] ３ [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545118v2] ４ [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.28.546720v1] * の出版論文としての結果 1 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545082v1] 2 [https://www.nature.com/articles/s41586-023-06604-5] 3 [https://www.nature.com/articles/s41422-023-00846-8] 4 [https://www.nature.com/articles/s41586-023-06914-8] * 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 [https://www.nature.com/articles/s41586-021-04158-y] 2 [https://www.nature.com/articles/s41556-023-01108-w] 3 [https://www.nature.com/articles/s41586-022-05526-y] 4 [https://www.nature.com/articles/s41586-019-0969-x] 5 [https://www.nature.com/articles/s41588-022-01018-x] 6 [https://www.nature.com/articles/s41556-020-0489-9] 7 [https://cellxgene.cziscience.com/] * 10x [https://www.10xgenomics.com/platforms/chromium] * sci-RNA-seq3 [https://www.nature.com/articles/s41588-022-01018-x] * Smart-seq3 [https://www.nature.com/articles/s41587-020-0497-0] * Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ） [https://shendure-web.gs.washington.edu/current.html] * マーカージーンをGPTに入れると予測してくる [https://www.nature.com/articles/s41592-024-02235-4] * Mappingする方法 [https://satijalab.org/seurat/articles/integration_mapping]  * UMAPのco-embedding [https://www.rdocumentation.org/packages/CAESAR.Suite/versions/0.1.0/topics/CoUMAP] * Foundation modelを作っていく例 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.28.568918v2] * 今村さん [https://sites.google.com/view/imamuralabhiroshima/home] * とやっていたgene regulation [https://journals.biologists.com/dev/article/142/5/910/47218/Gene-activation-associated-long-noncoding-RNAs] * Zygotic genome activation [https://www.nature.com/articles/s41576-018-0087-x] * 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構 [https://first.lifesciencedb.jp/archives/16440] * 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？ [https://www.jstage.jst.go.jp/article/faruawpsj/52/10/52_973/_pdf/-char/ja?utm_source=chatgpt.com]（pdf） * 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない [https://www.nature.com/articles/s41586-024-07472-3] * ダーウィン vs ルイセンコ [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AB%E3%82%A4%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%82%B3%E8%AB%96%E4%BA%89] * iPSで精子作成している例 [https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(21)00342-8] * 減数分裂？に関するプレプリント [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.31.596483v1] パキテンで止まっている * 山中論文は24から4へ [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(06)00976-7] * 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入 [https://journals.biologists.com/dev/article/136/13/2247/65186/Cell-volume-regulation-is-initiated-in-mouse]のことでした。 * 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 [https://www.nature.com/articles/nature23263] 2 [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867417307134]  * 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 [https://www.nature.com/articles/s41421-020-00188-4] 2 [https://www.nature.com/articles/s41588-021-00820-3]  * 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 [https://www.sugiyama.or.jp/comic/page9] * Polony Sequencing [https://academic.oup.com/nar/article/27/24/e34/2902337] * 最近宇宙とか言ってる [https://www.liebertpub.com/doi/full/10.1089/ast.2022.0008] * I-5: 東海岸を縦に貫く道路 [https://en.wikipedia.org/wiki/Interstate_5] * At the Helm: Leading Your Laboratory [https://www.cshlpress.com/default.tpl?cart=17349161811014112471&fromlink=T&linkaction=full&linksortby=oop_title&--eqSKUdatarq=862] * Westlake University [https://www.westlake.edu.cn/] * 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない [https://www.science.org/content/article/trump-administration-releases-details-fetal-tissue-restrictions] * ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2744932/] * 培養ニューロンにゲームさせてる論文 [https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(22)00806-6] * Retinaからのprojectionを再現 [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213671121002605] * ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー [https://www.nature.com/articles/s41583-020-0277-3] * Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文 [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.03.565534v1] * 海馬とTransformerの関連を議論した論文 [https://arxiv.org/abs/2112.04035] * 目の実装、イカとの違い [https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822%2823%2900988-0] * 流行ウイルス予測の研究 [https://www.nature.com/articles/s41586-023-06617-0] * エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 [https://ijdb.ehu.eus/article/pdf/11291841] 2 [https://www.annualreviews.org/docserver/fulltext/cellbio/13/1/annurev.cellbio.13.1.611.pdf?expires=1735937320&id=id&accname=ar-239758&checksum=E89540A03D3617192B16ED38F76564EE]  * 臨界期窓リオープン [https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1200705109] 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) * Anhedoniaの論文 [https://www.nature.com/articles/s41586-024-08241-y] * 加齢と記憶力、最近出た [https://www.science.org/doi/10.1126/science.adp6547] * Bipolarのモデルマウスを作るような研究 [https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1700689114] * 小頭症オルガノイド [https://www.nature.com/articles/nature12517] * Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま [https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(15)00408-7] * 4因子発現による若返りベンチャー 1 [https://www.altoslabs.com/] 2 [https://youthbiotx.com/]  * Seattle Hub for Synthetic Biology [https://alleninstitute.org/division/seattle-hub-for-synthetic-biology/] * Cole Trapnell lab [https://cole-trapnell-lab.github.io/] * 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文 [https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(21)00342-8] * * 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) * “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) * ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)