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台灣第一間西醫醫院「新樓醫院」，是由英國長老教會馬雅各醫生所創設。 西元1865 年馬雅各醫生在西門城看西街的一間民房，開辦看西街醫館。 當醫療工作正開始步上軌道時，引起本地漢醫恐慌，有人造謠「紅毛醫生取心肝、挖眼睛，以此作藥。」加上排外風氣日盛，馬醫生遭到反對者包圍，故僅僅二十三天的醫療工作暫告結束。 1868 年馬雅各醫生重返台南，隔年一月中旬租到二老口街「許厝」的公館(就是昔稱的〞舊樓〞)，設立醫館及禮拜堂。當時馬雅各的醫術和名聲均受到民眾的肯定，這時期正是台灣人接納「西醫」觀念的開始。 馬雅各在台行醫傳道將近八年走遍中南部。1879 年後，因患者人數增多，開始著手規劃興建大型醫院，1900 年新醫院落成，在4月17 日將醫館由舊樓遷移到新樓，命名「新樓」。 新樓醫院自 1865~1935 年，前後70 年期間，均由英國海外宣道會派遣醫生前來經營，教士會統籌管理。1935 年12 月30 日南部大會自教士會手中接管經營新樓醫院，大約8年時間，期間因大戰，宣教師撤離返國，在終戰後，經費無著，醫師缺乏，決議結束醫院營運。 1950年台南中會向大會提出申請，終於在5月5日大會通過准予再開辦，定名「南大新樓診療所」。 1985年新樓醫院重建，蓋成現代化病房西棟大樓。