StopCodon.fm

22. A time(-dependent) travel

Summary 生物時計に関わる分子の核内局在に関する論文を紹介しました Starring イシ、エビ Show notes * Xiao et al., 2021, Clock proteins regulate spatiotemporal organization of clock genes to control circadian rhythms. PNAS [https://www.pnas.org/doi/suppl/10.1073/pnas.2019756118]: 今回紹介した論文。 * Bhat et at., 2021, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [https://www.nature.com/articles/s41580-021-00387-1]: Phase separationによるnuclear compartmentalisationに関する総説 * Buchwalter et al., 2019, Nat. Rev. Genet. [https://www.nature.com/articles/s41576-018-0063-5]: Nuclear peripheryに関する総説 * Chromosome territories [https://www.nature.com/scitable/topicpage/chromosome-territories-the-arrangement-of-chromosomes-in-3025/#] * Rabl orientation: 1885 年にCarl Rablが著書 “Über Zelltheilung” (直訳: 細胞分裂について) において初めて報告した染色体の核内配向性で、全ての染色体のセントロメア領域が核膜近傍の一箇所で束ねられる一方で、テロメア領域が対極に位置する。Rabl orientation の歴史的な背景はScherthan, 2001, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [https://www.nature.com/articles/35085086]の総説論文が詳しい。 * Drosophila の染色体の配向性: 多種多様な真核生物のゲノム構造を調べた論文 Hoencamp et al. (2021) [https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe2218] を見ると、どうやら Drosophila の染色体は核内で chromosome territory ではなく Rabl orientation をとるようだ。 * HP1 droplet * Double actogram [https://ccb.ucsd.edu/the-bioclock-studio/education-resources/basics/part2.html] * Menet et al., 2010, Genes Dev. [https://genesdev.cshlp.org/content/24/4/358]: DrosophilaのPER, CLKの量とinteraction, DNAとの結合を見た論文で、エビがGFPの安定性の話をしたときと最後にDNAがどうやって移動しているのかの話題のときにイシが言及していたもの。 * Zeitgeber (同調因子) [https://en.wikipedia.org/wiki/Zeitgeber] * entrainment: 日本語では「同調」というらしい。生物時計の位相が環境サイクルに合わせることをいう。 * PERのdegradation: PERがTIMにくっつかれていないときはPERによるCLKの抑制が強いがPERがDBTにリン酸化されてdegradeする、ということらしい(Price et al. (1998) [https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(00)81224-6], Kloss et al. (2001) [https://www.cell.com/neuron/fulltext/S0896-6273(01)00320-8]). * “セミコロンがややこしい”: FlyBase nomenclature guidlines [https://wiki.flybase.org/wiki/FlyBase:Nomenclature]に則っているだけのらしい(Allele symbols of genes on nonhomologous chromosomes are separated by semicolons and spaces (e.g., bw1; es; ey1).) * 特定の微小管上に微小管結合タンパク質の condensate が形成される論文: Sandro et al. (2023) [https://www.nature.com/articles/s41556-022-01035-2]. 同じ号に、異なる生物種で同様の現象を報告した論文が 2報掲載された。 Editorial notes * 時間生物学と相分離生物学は同音異義語が複数あって大変 (“ピリオド”がper遺伝子、PERタンパク、周期を指し、“フェーズ”がcircadian rhythmの位相とLLPSの相を意味するので)(イシ) * Zeit というドイツ語はネットフリックスのドラマ「ダーク」で覚えました (エビ) * 収録日: 2023.07.15 * 編集: イシ

21. Cooking pan-genomes

Summary 原核生物の汎ゲノムを解析してコア遺伝子群とアクセサリ遺伝子群の組換え頻度を解析した論文を頑張って紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes * Steinberg et al. (2022) eLife [https://elifesciences.org/articles/78533]: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。 * Kussell Lab [https://www.kussellgroup.org/] * Non-allelic homologous recombination [https://en.wikipedia.org/wiki/Non-allelic_homologous_recombination] * 16SリボソームRNA [https://en.wikipedia.org/wiki/16S_ribosomal_RNA] * Maiden et al. (2018) PNAS [https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.95.6.3140]: Multilocus sequence typing のオリジナル論文 * Pan-genome [https://en.wikipedia.org/wiki/Pan-genome]: なぜか日本語のページが存在しない… 昨年の 4 月には Human Pangenome Reference Consortium から ヒト汎ゲノムプロジェクトについての Perspective paper [https://www.nature.com/articles/s41586-022-04601-8] が公開されていました。 * 14:55 あたりの Pan-genome を説明する図: McInerney et al. (2017) Nature Microbiology [https://www.nature.com/articles/nmicrobiol201740] の Figure 1 を参照しました。誰でもアクセスできる図だと PacBio 社のウェブサイト [https://www.pacb.com/blog/sequencing-101-looking-beyond-the-single-reference-genome-to-a-pangenome-for-every-species/] がわかりやすく、この場合 “Core” 以外の領域に含まれる遺伝子が Accessory genome に該当する。 * 17:40 あたりの Accessory chromosome: Episode 17 [https://stopcodonfm.github.io/stopcodon.fm/episodes/017.html] で Wasp の B 染色体に言及しました。 * Ilya Mechnikov (イリヤ・メチニコフ) [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A4%E3%83%AA%E3%83%A4%E3%83%BB%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%8B%E3%82%B3%E3%83%95]: 当時ロシア帝国の領内であったハリコフ出身の微生物学者・動物学者。 * 23:50 あたりの germline-restricted chromosome: たとえば Torgasheva et al. (2019) PNAS [https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1817373116] * Lin and Kussell (2019) Nature Methods [https://www.nature.com/articles/s41592-018-0293-7]: 今回紹介した論文で使われた mcorr という手法の原著論文。 * Streptococcus pneumonia (肺炎球菌) [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%82%BA%E7%82%8E%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B5%E7%90%83%E8%8F%8C] * Coalescent theory [https://en.wikipedia.org/wiki/Coalescent_theory] * Fig 1B,　縦軸が揃ってないことに気づきました、見た目で比較するのが難しい… * 効果量, Cohen’s d, 検出力, 検出限界 [https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/effectsize.html]: 三重大の奥村先生の記事。Cohen の d について解説されている。 * Hill-Robertson interference [https://en.wikipedia.org/wiki/Hill%E2%80%93Robertson_effect] * Hitchhiking effect [https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_hitchhiking] * αサテライト配列 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/494.html] * Reddit: Pasta on pizza, who asked for this?! [https://www.reddit.com/r/StupidFood/comments/qga818/pasta_on_pizza_who_asked_for_this/] Editorial notes * Fashion changes, but style endures. - ココ・シャネル (イシ) * スイスに来て、米食からパン食やスパゲッティ食に切り替わりました (エビ) * 収録日: 2022.09.17 * 編集: エビ

20. A life worth journaling

Summary 面白くないジャーナルクラブ、ナレッジベース、習慣、読書などについて徒然なるままに雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes * Itai Yanai [https://twitter.com/ItaiYanai] * Night science [https://night-science.org/] * Zotero [https://www.zotero.org/]: 文献の管理で使われる * Logseq [https://logseq.com/]: エビのイチオシ * Roam research [https://roamresearch.com/] * モーニングページ [https://juliacameronlive.com/basic-tools/morning-pages/] * 7つの習慣 [https://www.amazon.co.jp/%E5%AE%8C%E8%A8%B3-7%E3%81%A4%E3%81%AE%E7%BF%92%E6%85%A3-%E4%BA%BA%E6%A0%BC%E4%B8%BB%E7%BE%A9%E3%81%AE%E5%9B%9E%E5%BE%A9-%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%BC%E3%83%96%E3%83%B3%E3%83%BBR%E3%83%BB%E3%82%B3%E3%83%B4%E3%82%A3%E3%83%BC/dp/4863940246] * Audible [https://www.audible.co.jp/]: 収録から半年、まだ続いてます。 * ホモ・デウス [https://www.amazon.co.jp/%E3%83%9B%E3%83%A2%E3%83%BB%E3%83%87%E3%82%A6%E3%82%B9-%E4%B8%8A-%E3%83%86%E3%82%AF%E3%83%8E%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E3%81%A8%E3%82%B5%E3%83%94%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E6%9C%AA%E6%9D%A5-%E3%83%A6%E3%83%B4%E3%82%A1%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%83%8E%E3%82%A2%E3%83%BB%E3%83%8F%E3%83%A9%E3%83%AA/dp/4309227368] * 森博嗣 [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%A3%AE%E5%8D%9A%E5%97%A3] * すべてがFになる(アニメ) [https://www.f-noitamina.com/] * Crunchyroll [https://www.crunchyroll.com/] * JBL GO2 [https://www.amazon.co.jp/JBL-Bluetooth%E3%82%B9%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC-%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B7%E3%83%96%E3%83%A9%E3%82%B8%E3%82%A8%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E6%90%AD%E8%BC%89-JBLGO2GRY-%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC1%E5%B9%B4%E4%BF%9D%E8%A8%BC%E4%BB%98%E3%81%8D%E3%80%91/dp/B07CXGPW8G/ref=sr_1_7?__mk_ja_JP=%E3%82%AB%E3%82%BF%E3%82%AB%E3%83%8A&crid=2OFD1ZUW5J6CJ&keywords=JBL+%E3%82%B9%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC+Go3&qid=1685384604&sprefix=jbl+%E3%82%B9%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC+go%2Caps%2C266&sr=8-7] * 喜嶋先生の静かな世界 [https://www.amazon.co.jp/%E5%96%9C%E5%B6%8B%E5%85%88%E7%94%9F%E3%81%AE%E9%9D%99%E3%81%8B%E3%81%AA%E4%B8%96%E7%95%8C-100%E5%91%A8%E5%B9%B4%E6%9B%B8%E3%81%8D%E4%B8%8B%E3%82%8D%E3%81%97-%E6%A3%AE-%E5%8D%9A%E5%97%A3/dp/4062166364] * Kindle Unlimited * 20世紀少年 [https://csbs.shogakukan.co.jp/book?book_group_id=16704] * MONSTER (アニメ) [https://www.netflix.com/title/81409869] * BECK [https://kc.kodansha.co.jp/product?item=0000035236] * HUNTER x HUNTER [https://www.shonenjump.com/j/rensai/hunter.html] * 嘘喰い [https://youngjump.jp/info/usogui/] * チェンソーマン [https://www.shonenjump.com/j/rensai/chainsaw.html] * ブルーピリオド [https://afternoon.kodansha.co.jp/c/blueperiod.html] * 動物のお医者さん [https://www.hakusensha.co.jp/comicslist/40315/] * 映像研には手を出すな [https://shogakukan-comic.jp/book?isbn=9784091892966] Editorial notes * 飛行機で行方不明になった荷物が届くのにかかった期間(4か月) < このエピソードの編集を始めるのにかかった期間 (5か月)(イシ) * 丁寧にイシにスピーカー情報を聞いた上で、全く異なる Ultimate Ears の Boom 3 という Bluetooth スピーカーを買いました (エビ) * 収録日: 2022.12.10 * 編集: イシ

19. Colorless green ideas sweep flexibly

SUMMARY イノベーションが「隠れた変異」によって起きるしくみについて論文紹介しました STARRING イシ、エビ SHOW NOTES * Life finds a way [https://www.youtube.com/results?search_query=malcolm+life+finds+a+way]: 映画ジュラシックパークの1シーン * Hayden et al., 2011. Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme. Nature [https://www.nature.com/articles/nature10083]: 1本目の論文 * Zheng et al., 2019. Cryptic genetic variation accelerates evolution by opening access to diverse adaptive peaks. Nature [https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.aax1837]: 2本目の論文 * Andreas Wagner [https://en.wikipedia.org/wiki/Andreas_Wagner] * Wagner lab [https://www.ieu.uzh.ch/wagner/research.html] * Arrival of the fittest [https://www.amazon.com/Arrival-Fittest-How-Nature-Innovates/dp/1617230219] * Andreas Wagnerのトーク [https://www.youtube.com/watch?v=aD4HUGVN6Ko&ab_channel=TheRoyalInstitution] * Cryptic genetic variation: e.g. Pabby & Rockman 2014 Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [https://www.nature.com/articles/nrg3688] * 同義置換 [https://en.wikipedia.org/wiki/Synonymous_substitution] * 5:00 あたり: ゼロから新しい酵素を獲得することは実際とてつもなく難しく、その代わりに腸内細菌を新たに獲得することで酵素を得ることの方が多い (例、シロアリとセルロースを分解できるバクテリア) * Waddington 1950 Evolution [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1558-5646.1953.tb00070.x]: ショウジョウバエのcrossveinless変異のgenetic assimilation * リボザイム [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%A0] * キナーゼの ATP 結合ポケットに変異を導入して ATP アナログを結合させる話は Bishop et al. 2000 Nature [https://www.nature.com/articles/35030148] や Ubersax et al., 2003 Nature [https://www.nature.com/articles/nature02062] をどうぞ * Arabidopsisのあの話: 14. All men are created at random [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AA%E3%83%9C%E3%82%B6%E3%82%A4%E3%83%A0]をどうぞ * GFPからいろいろ作った: この仕事でRoger Tsien [https://en.wikipedia.org/wiki/Roger_Y._Tsien]が2008年にノーベル化学賞を受賞 * “The wikigame” [https://www.thewikigame.com/] * FACS [https://en.wikipedia.org/wiki/Flow_cytometry#Cell_sorting_by_flow_cytometry] EDITORIAL NOTES * チェンソーマン良い(イシ) * 刃渡り2億センチをフルで早く聴きたい(エビ） * 収録日: 2022.09.17 * 編集: イシ

18. Oh my HUSH!

SUMMARY HUSH 複合体がレトロエレメントをサイレンシングするメカニズムを調べた論文を紹介しました。 STARRING エビ、イシ SHOW NOTES * Seczynska et al. (2021) Nature [https://www.nature.com/articles/s41586-021-04228-1]: 今回紹介した論文。オープンアクセス。 * Paul Lehner lab [https://www.stemcells.cam.ac.uk/people/affiliates/lehner] * 5:05 あたりのウイルス由来のねじれた環状 DNA: cccDNA [https://en.wikipedia.org/wiki/CccDNA] のこと。 * 自然免疫系 [https://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%87%AA%E7%84%B6%E5%85%8D%E7%96%AB%E7%B3%BB] * Vessoni et al. (2013) Cell Death & Differentiation [https://doi.org/10.1038/cdd.2013.103]: オートファジーがゲノムの品質維持に関わることを説明した総説論文。 * cGAS-STING 経路 [https://www.science.org/doi/10.1126/science.1232458]: 興味深いことに、STING タンパク質は進化の過程でバクテリアから獲得されたことが報告されている (Morehouse et al. 2020) [https://www.nature.com/articles/s41586-020-2719-5] * 11:20 あたりのクロマチンのサイレンシング: Allshire and Madhani (2018) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6822695/] を見ながら話をしました。 * レトロエレメント: レトロウイルスがゲノムに取り込まれた DNA 配列 * HUSH 複合体: 2015 年に Paul Lehner のグループによって報告された (Tchasovnikarova et al. 2015) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4487827/] * ヒトのイントロンとエキソンの境界: 共通する配列の特徴としてイントロンの 5’ 末端に GT、3’ 末端に AG が知られているが、イントロンとエキソンの境界を 100% 予測できるわけではないらしい (Mishra et al. 2021) [https://doi.org/10.1093/nar/gkab098] * RNA Immunoprecipitation [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27659976/] * de novo 遺伝子 [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/4316.html]: 「セントラルドグマの新常識」(羊土社) [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758104043/index.html] に収録されている日本語の総説がとても勉強になった * エキソン・シャッフリング [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/3500.html] * イントロンの起源について: Nick Lane の “The Vital Question. Why is life the way it is?” [https://nick-lane.net/books/the-vital-question-why-is-life-the-way-it-is/] を参考にしました。邦訳はみすず書房から出版されている 生命。エネルギー、起源 [https://www.msz.co.jp/book/detail/08534/]。 * Eugene Koonin [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/] * Babenko et al. (2004) Nuclei Acids Res. [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC484173/]: 進化的に古いパラログと新しいパラログとの間でイントロンの保存性を比較した論文 EDITORIAL NOTES * 自己/非自己を区別する現象に強い興味があります (エビ) * 最近ボイラーが壊れて暖房とシャワーが1週間使えなくなりました(イシ) * 収録日: 2022.07.30 * 編集: エビ